辅酶Q10的副作用极少。除了文献报导和临床所见的消化道反应，还有一少部分人员会出现辅酶Q10的过敏。如果出现过敏的表现，就可见到浑身有皮疹、药疹、发红甚至瘙痒，当停药或减量之后症状就可以改善。

辅酶Q10主要是用于心肌保护，肝炎人员、癌症综合征人员，在临床中诊断了病毒性心肌炎，或者是心功能衰竭的人员，可能会给予口服辅酶Q10以保护心肌。对于有慢性肝炎、还有病毒性肝炎、慢性活动性肝炎的人员也会给予口服辅酶Q10，癌症综合征人员会给予口服辅酶Q10来减少癌性疼痛，同时也会减少癌症对心脏的损伤，保护心肌，给心肌提供能量。辅酶Q10具有轻微的降血糖作用，所以对于正在服用降糖药物的人员，要注意监测血糖，还有轻微的抗凝作用，对于正在服用抗凝药物的人，要注意监测凝血功能，对于严重肝肾功能不全的人员要慎用，儿童、哺乳期妇女、孕妇禁用。